Wappenbeschreibung:
Zweimal geteilt von Grün, Rot und Silber.
Historische Begründung:
Gewöhnlich entstehen kommunale Flaggen auf der Grundlage von Gemeindewappen und gehen ihnen zeitlich nach. Das Helgoländer Wappen nahm den umgekehrten Weg.
1696 wurde der Insel zusammen mit den anderen seefahrenden Städten und Landschaften des Herzogtums Schleswig-Holstein-Gottorf von Herzog Friedrich IV. eine Schiffahrtsflagge verliehen. Die Tingierung der Flaggen war zwar im einzelnen unterschiedlich, doch war allen das im Liek gezeigte herzogliche Herrschaftszeichen, die Schleswiger Löwen, gemeinsam. Helgoland erhielt die seitdem traditionell gewordene Flagge in Grün, Rot und Weiß.
Zwar existierte neben dieser zunächst nur für die Seefahrt bestimmten Flagge ein um 1600 entstandenes Kirchspielsiegel, das vielleicht den Heiligen der Seeleute, St. Nikolaus, aus Wellen emporwachsend, zeigte. Eher noch handelte es sich um ein mit kirchlichen Elementen (Gotteslamm) gestaltetes emblematisches Motiv. Doch hat nicht dieses, sondern die populäre Seeflagge Eingang in das Helgoländer Wappen gefunden. Dessen ungewöhnliche Erscheinung und die Abwendung von den heraldischen Farbregeln wurde dabei in Kauf genommen. Wann dieses geschehen ist, läßt sich nicht genau feststellen.
Vermutlich erst im 19. Jh. wurden die Farben mit dem Erscheinungsbild der Insel begründet: "Grün ist das Land, rot ist die Kant', weiß ist der Sand, das sind die Farben von Helgoland (Grön is dat Land, rot is de Kant, witt is de Sand, dat sünd de Farven vun't hillige Land)".